這一年9月13日，王光美被正式逮捕，11月轉押秦城監獄。劉少奇的子女也被趕出家門，或到校接受批判，或流浪街頭。劉少奇獨自一人被關押在福祿居前院，并不知道他的家人已經不在福祿居了。

　　劉源不理解：作為國家主席的父親一夜之間怎么就成了“階下囚”？因為受牽連，兄妹幾個最困難的時候連吃飯都成了問題。劉源曾偷偷地跑到醫院去賣血，但因為沒有證明，醫院不收。

　　1968年10月，中共八屆擴大的十二中全會在北京舉行，批準了江青一伙蓄意炮制的所謂《關于叛徒、內奸、工賊劉少奇罪行的審查報告》，“撤銷劉少奇黨內外一切職務，永遠開除黨籍，并繼續清算劉少奇及其同伙叛黨叛國的罪行”，從而釀成了中國共產黨歷史上最大的一樁冤案。

　　但是，早就被單獨關押的劉少奇根本不知道強加給他的這一系列莫須有的所謂“罪名”，更不知道他已經被“永遠開除出黨”。然而，為黨奮斗了終生、為中國人民的徹底解放和社會主義革命與建設奮斗了終生的劉少奇，自始至終都沒有動搖過對黨、對人民的一片忠誠，對共產主義事業的堅定信念。

　　劉少奇以沉默來反抗對他的種種誣蔑和惡毒攻擊。在心力交瘁之下，劉少奇這位已經70歲高齡的黨和國家領導人，身體狀況每況愈下。1969年10月17日晚，身患重病不能活動的劉少奇，被用擔架抬上飛機，送到河南省開封市，秘密監禁在開封市革命委員會院內“同和裕銀號”舊址的小屋內。由于長途轉運，加之長期以來醫療條件跟不上，到開封后醫療條件更差，林彪、江青一伙又拒絕調撥必需藥物，劉少奇病情進一步加重并迅速惡化。10月24日、31日，11月10日，3次病危。

　　1969年11月12日凌晨6時45分，在到達開封后的第27天，劉少奇在河南省開封市含冤逝世。

　　劉少奇逝世后，遺體當夜即被火化，骨灰被秘密存放在開封。在火葬申請單上，從北京趕來的專案組人員冒用了“劉源”的名字，死者姓名則是外界很少有人知道的劉少奇少年時用過的名字“劉衛黃”。