10月13日，福建前線電臺廣播了毛澤東起草的《中華人民共和國國防部長命令》，宣布“從本日起，再停兩星期，借以觀察敵方動態，并使金門軍民同胞得到充分補給”，同時指出“這是民族大義”，“是為了對付美國人的”。10月25日，毛澤東以國防部長彭德懷名義發表了《再告臺灣同胞書》，揭露美國插手臺灣的目的，提醒臺灣當局當心美國人的毒計；規勸臺灣當局，不可屈服美國人的壓力。毛澤東同時宣布“逢雙日不打金門的飛機場、料羅灣的碼頭、海灘和船只……以利你們長期固守”。這樣，對金門“打單不打雙”的局面，一直延續到1979年1月1日。

　　毛澤東親自撰寫以國防部長彭德懷名義發表的3個文告，揭露了美國的侵略行徑和陰謀，劃清了中美兩國之間與國共兩黨之間的界限，在臺、澎、金、馬軍民中引起強烈的反響，加深了美蔣之間的矛盾。通過有條件暫停炮擊和無條件隔日炮擊的行動，抵制了美國脅迫臺灣當局從金、馬撤兵，隔離臺灣，制造“兩個中國”的圖謀。持續兩個多月的緊張局勢，也開始松弛下來。

　　金門炮戰中蔣介石反對把金門、馬祖與臺灣島割裂開來，堅持“一個中國”的立場，在很大程度上與毛澤東達到了“共鳴”，并受到了毛澤東的贊許。1959年2月初，毛澤東在一次對省市委書記的講話中談到了國共兩黨秘密接觸的情況。他說：“臺灣是蔣介石當‘總統’好？還是胡適好？還是陳誠好？還是蔣介石好。但是國際活動場合，有他我們就不去，至于當‘總統’，還是他好。”“讓他(按：蔣介石)去搞特務，搞三民主義，歷史上凡是不應當否定的，都要作恰當的估計，不能否定一切，否定一切的結果，都毀了自己。”2月27日，毛澤東在會見外賓時說：“現在我們又講跟蔣介石合作，他(按：蔣介石)說不干，我們說要。合作共同反美，他不敢，我們說有一天美國要整他，總會有一天美國要承認我們的，丟掉他。蔣介石懂得這一點。我們搞第三次合作，他通過秘密的間接的方法跟我們聯系，公開不敢，怕美國，而我們不怕。”毛澤東還說，我們同臺灣，誰也離不開誰，就像《長恨歌》中所說的：“在天愿作比翼鳥，在地愿為連理枝。”蔣介石把枝連著美國，而美國卻連根都要挖掉。9月15日，毛澤東在民主黨派負責人座談會上說：“蔣介石不做‘總統’，這個我們也不贊成的。……是蔣介石做‘總統’好，還是別人做‘總統’比較好？在目前看，還是蔣介石比較好。”

　　為了實現提出的“舉行和平談判”，毛澤東在炮擊金門的同時采取了另一個行動，請與國共兩黨高層均有私交的章士釗擔負起兩岸溝通的責任。在金門炮戰硝煙未散盡時，毛澤東囑托章士釗給蔣介石寫信，把中共“聯蔣抵美”的方針告訴他。章士釗欣然答應。國學功底極好的章士釗在信中說：“溪口花草無恙，奉化廬墓依然”；“臺灣金馬，唇齒相依，遙望南天，希諸珍重。”毛澤東對這幾句尤為欣賞，并親自將“南天”改為“南云”。

　　1958、1960年，章士釗兩次赴港，向臺灣當局轉達信息。臨行之前，毛澤東、周恩來與他進行了談話，提出了兩岸暫不舉行正式談判，但可先做有限接觸，如互訪、通郵、通航、通商的建議。章士釗到港后，引起了海外媒體的種種猜測，稱章士釗是中共的“和談專使”，擬通過私人關系向臺灣高層轉達中共和談條件。但是臺灣當局對章士釗此行沒有作出任何積極反映。另外，受蔣介石派遣來大陸的宋宜山回到香港后，蔣介石并沒讓他回臺灣當面匯報，而是讓他先寫一份書面報告。由于宋宜山的報告對共產黨和大陸的成就贊揚過多，蔣介石看后大為不悅，認為宋宜山被“赤化”了，而中止了國共間進一步的接觸。