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　　1949年春，國民黨政權已陷入崩潰前的一片混亂，孫科于3月辭去行政院院長職務后，由廣州移居香港。在此期間，他對國民黨前途已不抱希望，同時臺灣方面既不歡迎他，也不給他發(fā)放申請赴美的護照，無奈之中他只得流亡香港和海外。孫科在歐洲、美國前后旅居16年，息影山林，潛心讀書，于1965年被邀前往臺灣定居，次年出任考試院院長，在其晚年的最后八年，又開始了頗為忙碌的社會活動，直至1973年9月去世。

　　1949年7月，孫科去廣州參加國民黨非常會議返回香港后，意氣消沉，認為“大局已無法挽回”。12月10日，蔣介石由成都飛往臺北，沒有通知孫科赴臺。1950年夏，蔣介石在臺灣發(fā)起國民黨改造運動，也未通知孫科參加，僅由洪蘭友向其通報情況。孫科向洪蘭友表示，國民黨應當改造，但在改造之前應召集全體中央執(zhí)行委員開會議決才算合法。不久，臺灣的報紙便出現(xiàn)了攻擊孫科的報道，并風傳孫科將來臺灣任“副總統(tǒng)”，于是有關方面對孫科來臺便竭力防范。孫科意欲申請赴美，但臺灣當局不給他發(fā)放護照，無奈中只得暫住香港。

　　中共方面曾通過相關人士與孫科聯(lián)絡，但孫科對中共及其領導的革命懷有很深的成見和對抗情緒，且對國民黨政權的崩潰感到無限痛惜，為此，他斷然拒絕了中共歡迎他前往北京的邀請。

　　孫科在香港居留期間，因國民黨政權在大陸失敗的刺激和國民黨前途的黯淡，他對時局深感“悲觀”，“情緒非常不好”，以致身心交瘁，對政治及一切事務均表倦怠。在他的宅邸，每天都有流寓在港的國民黨軍政人員叩門拜訪，向孫科告貸。孫科每以10元港幣打發(fā)這些昔日的軍政人員，后因人數(shù)日益增多，乃改為5元，但前來借錢的人仍持續(xù)不斷，遂決定盡速離開香港。孫科剛到香港時，即向港英當局申請出國護照，但在1949—1950年間，孫科卻為一私人之事所困擾。廣東籍某女子聲稱與孫有染，向臺灣和香港兩地法院同時控告遭孫科遺棄，要求孫支付一筆數(shù)目不菲的款項。此女子得到孫科政敵的支持，其目的是阻止孫科前往臺灣。雙方通過法律程序進行了訴訟，一時鬧得沸沸揚揚。港英政府以訴訟未決不得離港為由，拒絕簽發(fā)孫科的出國護照。直到1950年春，香港法院判決孫科勝訴，他才得以出國。

　　1950年秋，孫科攜夫人經(jīng)印度、希臘赴法國，抵達巴黎后，暫住老友、前駐蘇大使傅秉常在巴黎郊外的別墅，開始了他晚年流亡海外的歲月，是年孫科60歲。

　　孫科雖流亡海外，但起初生活卻頗為優(yōu)渥。1950年他寓居巴黎后，養(yǎng)病之余，經(jīng)常游歷歐洲各國，先后去過西班牙、意大利等國，下榻之處則非高級賓館不住。綺麗的異國風光，豐盛的餐飲，似乎已漸漸洗去孫科多年從政的疲憊。

　　孫科在巴黎寓居兩年后，決定轉往美國。1952年7月，孫科夫人先行離開歐洲前往美國，12月下旬孫科才啟程。孫科夫婦住其長女孫穗英家，次年遷居加州洛杉磯西部圣塔莫利卡，在此地居住四年，后遷至洛杉磯南面臨海的lagunaBeach。

　　孫科在流寓美國期間，臺灣的蔣介石對其不聞不問，偶爾有少許大陸時代的故舊前去探訪。1961年，陳誠以“副總統(tǒng)”身份訪美，也只給孫科打去一個電話而已，并沒有專程前往探訪，國民黨駐美外交機構與孫科也無任何往來。

　　大陸中共方面仍惦記著孫科，1956年3月，周恩來總理在北京會見英國客人馬坤，請與孫科有數(shù)十年私交之誼的馬坤代向孫科致意。周總理說，我們不能讓孫中山先生的兒子長期流亡國外，中國政府仍然歡迎孫科先生返國。

　　然而，此時的孫科似乎已倦于政治，他對周恩來的口信沒有作出回應。孫科深居息影，儼然“閑云野鶴”，在南加州鄉(xiāng)間閉門讀書，只是生活頗為清苦。已無任何固定收入的孫科夫婦與次子治強一家共同生活，依靠子女的小額接濟，省吃儉用，一切自己動手。其夫人陳淑英負責烹炊，孫科則收拾洗涮碗碟，灑掃庭除。甚至有一段時間，孫科夫婦因經(jīng)濟窘迫只能吃番薯充饑。然而，他每天仍到附近的圖書館看書，家中也堆滿了書籍，完全過著一種普通老人的困窘生活。

　　1965年，孫科已經(jīng)75歲高齡，在他流亡海外16年間，在臺的蔣介石政權并沒有對他表示出任何關心和重視，孫科也從未返回過臺灣。1949年蔣介石敗逃臺灣后，大陸時代眾多的國民黨元老全被其“懸置”起來，而在歷史上多次與蔣反目的孫科更不能在臺灣立足。此時的孫科已步入垂暮之年，蟄居海外，雖然清閑，但靜極思動，加之在美生活頗為清苦，諸般雜事皆須自己動手，生活上有諸多不便，漸生歸臺之意。而臺灣方面，自60年代初始，孫科的某些故舊也為孫科赴臺多方積極活動。1962年“雙十”節(jié)前夕，中山縣籍“立委”劉崇齡向“行政院”提出質詢，他說：“哲生先生功在國家，過去擔任過國民政府的副主席和行政院院長、立法院院長。最近孫先生于言詞之間也懷念臺灣的老朋友，同時表露出有思鄉(xiāng)之感。”劉崇齡要求當局主動邀請孫科返臺。對劉崇齡的質詢，行政院副院長王云五回答說：“政府非常歡迎哲生先生回國，而且在籌備中的第三次陽明山會談，哲生先生也列入盡先邀請的名單。”不久，孫科的故舊、國民黨元老梁寒超等粵籍要人積極活動，為孫科赴臺進行各項具體安排。

　　1964年由臺灣出資，在美組織了“中華文化教育基金會”，并推舉孫科任董事長，孫科前往華盛頓參加年會，來往機票及餐宿費用均由該會負責。從此之后，孫科與臺灣官方機構重新建起了聯(lián)系，孫科有意返臺，蔣介石也有心歡迎。于是，1965年10月29日，孫科搭機從美返臺，在臺北松山機場受到蔣經(jīng)國及2000余人的熱誠歡迎，場面之盛大令孫科潸然淚下。從此，孫科結束了海外流亡生涯，投奔蔣介石統(tǒng)治下的臺灣。

　　孫科抵達臺灣次日，在蔣經(jīng)國的陪同下，專程從臺北乘專機前往高雄蔣介石官邸拜謁。自1949年廣州分手，16年后他們在臺灣相逢，過往舊事已如昨日煙云，彼此相見甚歡。蔣介石設午宴招待孫科，飯后并邀同車到外面游覽風景。蔣并親送孫科回左營軍校寓所。蔣介石還將自己曾住過的陽明山第一賓館交給孫科及其家屬居住，該住所系日式平房，花木扶疏，清靜幽雅，孫科在臺一直居住于此。

　　孫科承蒙蔣介石以禮相邀，便積極投桃報李。一周后，臺北舉行“華僑救國總會第三次代表大會”，在開幕典禮上，孫科發(fā)表了返臺后第一次公開演講，明確表示全力擁護蔣介石。半個月后，在紀念孫中山先生百年誕辰大會上，孫科再度吹捧蔣介石，抨擊中國共產(chǎn)黨。

　　返臺后的孫科在許多重大場合表明了支持蔣介石的政治立場，這些均被蔣介石一一看在眼里。1965年12月20日，蔣介石正式聘孫科為“總統(tǒng)府資政”，1966年9月1日，蔣介石又正式提名孫科為“考試院”院長，從此孫科又名列臺灣黨國要人之列。雖然“考試院”院長只是一個閑職，然對于年已76歲的孫科而言，已心滿意足了。