(二)中央支農專項的項目管理和資金分配層次多、鏈條長，管理機制不夠科學。

　　目前，按項目分配的中央支農專項資金中，大多采取由下而上層層上報項目，再由中央、省有關部門選擇確定并直接分配資金到具體項目的工作機制。從審計調查情況看，現行的這種工作機制中存在一些不夠科學和需要改進完善之處。

　　主要是層層申報導致時間長、項目執行滯后和資金滯撥，影響效率。抽查50個縣申報的4萬多個項目，從項目申報到批復時間在6個月以上的占總項目數39%；從項目批復到資金到位時間在6個月以上的占總項目數32%。從資金撥付情況看，16個省(自治區)2006年下半年收到的專款占支農專款總額的65%(其中第四季度收到的占總額的29.92%)；50個縣第四季度收到的專款占支農專款總額的44%(其中12月份收到的占總額的22%)，還有4.57億元當年未收到。從項目執行情況看，這些縣支農項目當年組織實施的占57%，當年按要求完成的占21%，未實施的項目占43%。由于項目下達和批復不及時、資金撥付遲緩、項目建設滯后，影響中央支農惠農政策的貫徹落實。

　　有的地方對項目和資金重爭取和分配、輕管理和監督的問題比較突出。目前中央支農專項資金的分配機制，容易導致地方政府為爭取資金而淡化管理和監督的責任。如2005年4月，安徽省農業委員會對太湖縣2003年度沼氣建設國債項目的驗收結論是“建池率、建池成功率、國債補助資金到戶率均為100%……驗收合格”，但審計抽查其驗收檢查的九田鄉蘭家村發現，建池任務完成率不到50%。

　　(三)部分地區存在加重農民負擔、損害農民利益的問題。

　　審計調查發現，一些主管部門(單位)受部門利益驅動或缺乏責任心，在支農項目實施過程中，仍存在變相增加農民負擔、損害農民利益的問題。

　　一是農村基礎設施建設項目(如農村公路、沼氣建設、農村安全飲水等)和扶貧等項目的配套資金落實不到位，加重了農民的負擔，也使一些鄉村形成新的負債。審計抽查發現，50個縣中有16個縣(市)存在此類問題。如黑龍江省樺川、甘南兩縣中央補助扶貧項目，地方財政應配套575.84萬元，實際上僅省級落實了60.56萬元。

　　二是擠占挪用支農專項資金，影響政策目標實現。據不完全統計，16個省(自治區)有關部門和項目單位共擠占挪用中央支農專項資金6億多元，其中抽審的50個縣2006年共擠占挪用中央支農專項資金1.25億元，用于平衡預算、彌補行政經費不足和發放補貼等。

　　三是截留、克扣農民補助，亂收費，損害農民利益。審計調查發現，有8個省(自治區)的10個縣(市)存在此類問題。如湖北省監利縣2005年擅自截留、扣發21.25萬戶農民的中央專項水稻良種補貼362.62萬元，直至2007年7月經審計調查指出后才陸續發放到農民手中。

　　(四)地方本級預算編報中央補助收入不完整的問題仍未得到有效解決。

　　在對2002年和2005年的中央轉移支付資金審計調查中，審計署曾指出地方本級預算編報中央補助收入不完整的問題，財政部也進行了調查研究，并出臺了《地方政府向本級人大報告財政預、決算草案和預算執行情況的指導性意見》，要求“按上一年執行數或上級下達的預計數編報”。但從審計調查情況看，這個問題仍未得到有效解決。2007年，16個省(自治區)有77%的中央支農專項資金未按照財政部的規定編入省本級預算；50個縣未將中央支農專項資金編入縣級預算的比例高達95%。