7月26日，國民黨舉行黨主席暨黨代表選舉。晚上8時30分左右選舉結果揭曉，國民黨主席唯一候選人馬英九得票率93.87%，高票當選。馬英九在競選辦事處慶功，發表簡短的當選感言與黨務改革理念。

　　除選黨主席，26日國民黨也要選出第十八次全體黨員代表大會代表共1171人。全臺設519個投開票所，投票時間從上午8時起到下午4時截止，隨即進行開票、計票作業。

　　得票率高于幕僚預測

　　25日，馬英九利用最后一天全力沖刺。上午前往臺東、花蓮舉行政策說明會，晚上則趕回臺北市，出席黨主席選舉的最后一場政見說明會，全力總動員，希望沖高得票率。國民黨中央同日也特別在媒體上刊登半版廣告，以“為黨做主”作為訴求，希望黨員26日踴躍投票，強力拉抬黨主席與黨代表選舉的投票率。

　　26日，馬英九一早前往臺北市靜心小學投票。投票時，馬英九呼吁黨員積極投票，他表示得票高低不重要，出來參選是為了承擔責任，不是擴大權力、更不是測試人氣。投票過程中，有島內媒體追問，當選后中共方面是否會有“黨對黨”的祝賀？馬英九表示，4年前自己首度當選黨主席時，對岸有發賀電，相信這次也會有，自己也會回復。

　　26日當天，國民黨高層也悉數出動。國民黨現任黨主席吳伯雄一早先陪馬英九投票后，自己再前往黨籍所在地完成投票。其他包括連戰、蕭萬長、劉兆玄、王金平等藍營政要也紛紛出來投票。

　　對此，有島內媒體分析指出，回顧國民黨過去幾次主席選舉，當選人都有較高的得票率。連戰2001年拿下近98%的得票率；馬英九2005年獲得71.5%的選票；吳伯雄2007年拿下86.97%的得票率。因此，馬英九競選辦事處選前就表示，這次主席選舉以八成得票率為目標。馬英九競選幕僚則希望得票率“保八”，并上看“九成”。馬英九以及國民黨全力拼選票，最終得票率高于馬幕僚預期。

　　當選后面臨的考驗

　　當選后，馬英九將于9月12日在國民黨第十八次全體黨員代表大會上，從現任黨主席吳伯雄手中接任黨主席。

　　馬英九已確定成為新任國民黨主席。對此，有島內媒體發表評論指出，黨主席選舉并不艱難，真正的考驗在接任黨主席之后。文章具體分析說，兼任黨魁，馬英九宣稱他會立刻改革國民黨。那么，未來必須要做的是黨務改革與世代交替。4年前首次參選黨主席，他曾喊出同樣訴求，這次又打出原主張，除了展現馬英九一直想貫徹的意志，也是對舊勢力的再挑戰。不過，被稱為“不沾鍋”的馬英九，接任黨主席后，對糾結不清的地方派系、“立法院”系統無法有效整合等老毛病，真的準備好大刀闊斧改革、并承受可能付出的代價了嗎？

　　文章還進一步分析指出，馬英九坐穩黨魁之后，未來“行政、立法”事權統一，權力集中，同時也意味著，施政成敗不再是“行政院長”之責，馬英九得一肩扛起，沒有閃躲空間。所以，對馬英九而言，“考驗，現在才剛開始而已”。(木曰)