扁家涉及的洗錢、SOGO案，甚至最近震動臺北政壇的軍中賣官案等，都有黃芳彥穿針引線的影子。黃自知法網難逃，搶在特偵組約談前離境。吳文忠指出，特偵組透過黃一位友人和黃聯絡上，本想對其采取懷柔手段，把他當“友性證人”。事實上，黃在美過得頗逍遙自在，媒體甚至還捕捉到他與美女出雙入對的畫面，但這只是表象。吳文忠透露，黃芳彥罹患憂郁癥，在極大心理壓力下，一度鬧自殺，后來還是靠做過觀護人、對被告心理有相當程度了解的越芳如出面開導，才讓黃打消輕生念頭。

　　黃芳彥赴美之初，并非就打算一去不回，因為他買的是來回機票。吳文忠指出，黃芳彥人在美國，臺灣司法機構對他無可奈何，既不能拘捕，也無法引渡，在毫無籌碼的情況下，只能動之以情。黃也曾釋出善意，吐露他辦公室西裝藏有一批吳淑珍的珠寶鉆石，后經專家鑒定，該首飾價值高達1億多新臺幣。此前，特偵組也曾對黃進行搜索，發現他有100多套西裝，但未搜西裝，所以并未有重大發現。

　　剛開始特偵組跟黃芳彥之間的互動還算不錯，但臺灣媒體壞了大計。吳文忠指出，媒體將特偵組對黃芳彥的禮遇解讀為放水，并稱黃為“帝王證人”。電視談話節目中，名嘴一口咬定是“檢察總長”陳聰明縱放，對特偵組嚴加撻伐，因為黃曾宴請過陳，兩人素有交情。媒體打草驚蛇，讓黃更不敢返臺，迫使特偵組對滯美不歸的黃發布通緝。吳文忠失望表示，“通緝等于幫阿扁，黃芳彥絕對不回來了”。

　　吳文忠指出，黃芳彥滯美最早由陳水扁辦公室放出消息，這是“負負得正”的反間計，故意放話表示黃滯美不歸，讓民眾反感。而黃與陳聰明的關系，很容易就讓人聯想到黃得以順利出境是陳幕后操作的結果，媒體捕風捉影的指控讓黃芳彥返臺之心為之動搖。

　　臺北地方法院審理扁案后，陳致中夫婦即請求認罪協商，盼借此換取減刑或免刑的機會，特偵組私下對此表示歡迎。陳致中委任律師葉大慧公開表示，陳致中正積極與瑞士方面聯系，希望被瑞士當局凍結的錢能盡快匯回。吳文忠表示，認罪協商能否成立，“關鍵在錢是否回來”。

　　為取信特偵組，陳致中對特偵組交代的事絕不打折，包括機要費案審理，吳淑珍稱病18次拒不出庭，但陳致中請求認罪協商后，吳的病突然好了，現在每次都出庭。吳文忠表示，這正是認罪協商的效果。

　　對吳淑珍而言，兒子已經認罪，丈夫卻不認罪，她究竟要幫誰，陷入天人交戰。吳文忠表示，“護夫救子是魚與熊掌，相互矛盾的”。特偵組提醒陳致中，吳淑珍缺乏安全感，要多多陪伴，陳聽進去了，舉家遷居高雄后，近日也將吳淑珍接去同住。

　　朱朝亮、吳文忠遭調離特偵組，原因是他們在偵辦扁案過程中，曾與扁私通電話，并卷入與扁合照等風波，“監察院”在糾正案中指名應將兩人調開，但除去心中之患，正合扁意。

　　造成吳文忠、朱朝亮被調離特偵組重要原因是私下與扁接觸。吳文忠強調，那次是不期而遇，去年7月底，他學佛師父日慧法師過世三周，他和朱朝亮前往吊祭，不料陳水扁也出現在法會現場，他們本想閃避，但被眼尖的扁家友人張瑋津叫住，他們只好硬著頭皮留下和陳水扁閑話幾句，大約只有三、五分鐘。