甘家湖梭梭林國家級自然保護區地帶性土壤屬荒漠一灰棕色荒漠土地帶。但由于氣候條件、地形母質、水文條件及成土年齡的不同，這里的土壤主要分布有灰棕色荒漠土、灰漠土、風沙土、草甸土、鹽漬土等。

　　甘家湖梭梭林國家級自然保護區的植被類型多樣，種類豐富，有野生植物270種，瀕危物種32種，主要是具有較高藥用價值的肉蓯蓉、鎖陽、羅布麻、枸杞、甘草等，優勢樹種為梭梭、胡楊、檉柳等，植被類型呈典型的荒漠特征。主要的群落有白梭梭群落、梭梭群落、胡楊群落、胡楊-檉柳-梭梭群落、檉柳-梭梭群落等。白梭梭群落主要分布在保護區南部臨近莫特塔爾沙漠的低矮沙丘、沙地及高大沙丘上。

梭梭群落分布在保護區中部沖積平原的壤土地帶。胡楊群落分布奎屯河谷，古爾圖河舊河床南段及四棵樹河流域。胡楊-檉柳-梭梭群落主要分布在奎屯河南岸及古爾圖舊河床北段。檉柳-梭梭群落主要分布在保護區北側的奎屯河南岸，其中主要以梭梭為主，檉柳分布在其中，灌叢較大。依據最新衛星影像照片解譯，白梭梭群落在保護區內分布的面積為22412.25公頃，梭梭群落面積為18876.32公頃，胡楊群落面積為3492.64公頃，胡楊-檉柳-梭梭群落面積為3843.32公頃，檉柳-梭梭群落面積為2456.06公頃。

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