9月16日，百度發聲明譴責阿里巴巴在三鹿事件中故意傳謠。為此，記者第一時間向阿里巴巴有關負責人進行求證。

　　昨日晚間，記者收到了阿里巴巴發出的官方聲明稱：三鹿事件，人命關天，作為中國互聯網企業的重要一員，我們的責任在于讓用戶和社會公眾了解真實的信息，我們的使命在于使每一個公民都擁有安全、放心的消費渠道，這是阿里巴巴集團的價值核心。

　　9月11日，三鹿奶粉事件被媒體曝光后，阿里巴巴集團通過旗下網站第一時間通知商戶，將涉及三鹿的產品下架并等待有關部門調查結果，同時通過多種渠道告訴網絡的用戶和廣大公眾。

　　對此，阿里巴巴上述負責人表示，三鹿奶粉事件是一個非常惡劣的社會事件，作為全球最大的電子商務社區，無論是出于社區功能定位還是企業良知，都有必要跟進此事，更不會如某些企業那樣刪除會員創造的相關帖子，打擊網民的知情權。

　　事實上，就在三鹿奶粉被國家質檢總局、國家工商總局、公安部勒令全面停產整頓，并緊急召回流向全國的在市場銷售的問題奶粉的同時，百度公司同樣遭受到了中國消費者最為強烈的譴責。

　　中國消費者給出的證據是，就在9月12日前，全國各地媒體乃至央視、港澳等媒體已經開始不點名地披露甘肅省59名嬰兒因為食用某奶粉患上泌尿結石并有1名兒童死亡的重大消息時，百度所能提供給消費者的信息幾乎為零。

　　記者獲得的一份數據顯示，9月12日下午，用“三鹿，在小朋友的生命健康面前請不要表演”熱帖作為關鍵詞搜索，網絡信息整理者提供的信息是：谷歌顯示11400篇，百度顯示11條；9月13日上午：谷歌顯示11800篇，百度才增加到54條。

　　至此，網民開始將矛頭直指百度公司，坊間也流行開百度與三鹿合謀的各種版本。針對種種責難，百度公司于9月13日發表聲明稱，百度從未答應屏蔽三鹿負面新聞，并譴責阿里巴巴在三鹿事件中故意傳謠。