這一階段，水下考古隊員繼續使用雙瓶壓縮空氣，在水下工作中盡量使用全面罩和水下三方通話系統，保持與岸上控制臺聯絡。同時，使用水下廣播系統，每隔五分鐘通報一次，為掌握水下工作時間提供了便利。現在文物發掘區域主要在一號艙和二號艙內進行。

　　水下繪圖工作除繼續繪制一號艙、二號艙外，還沿著基線向鐵錨方向繪制沉船平面圖, 目前已經完成了八個艙位的平面圖。隔艙板支撐工作也是“南澳I號”考古隊的工作重點。經測量，各艙位隔艙板之間間隔約80—85厘米。一號艙內的文物發掘深度1.1米,考慮到隔艙板存在坍塌的危險，考古隊利用鍍鋅管和鐵板，按照兩個隔艙板的距離，做成可調節的支撐架支撐隔艙板，以保證沉船本體的安全和完整性。

　　文物的采集工作主要針對船體基線北端和不同艙位的表層文物。為區別不同艙位的文物，特別制作了大量標牌，由考古隊員隨身攜帶，在標牌上標注采集位置，并綁在存放文物的采集筐內，便于出水后進行文物登記。

　　為加強對出水文物的保護，考古隊在文物庫房安裝了溫濕儀，并由專人定期記錄庫房內環境變化情況。庫房內的部分文物也進行了淡水脫鹽處理。另外，中國文物遺產院、廣東省博物館還對瓷器、鐵器、銅器、木塊等進行取樣，用于進行文物保護的實驗室分析。