在此期間，專(zhuān)門(mén)委員會(huì)還原則批準(zhǔn)研制攻擊型潛艇。　12月11日，周恩來(lái)在中央專(zhuān)委會(huì)第十七次會(huì)議上，提出了要研制人造衛(wèi)星。同時(shí)，為使核武器系列化，周恩來(lái)提出，1968年要把“東風(fēng)3號(hào)”搞出來(lái)，“東風(fēng)4號(hào)”可以試，洲際導(dǎo)彈也可能搞出來(lái)，全部在這四年內(nèi)(1964~1968)解決。并同意在當(dāng)年12月底或次年1月初進(jìn)行這兩次試驗(yàn)。 1967年，局勢(shì)更加混亂，奪權(quán)風(fēng)也刮到了國(guó)防科技領(lǐng)域。周恩來(lái)為了保護(hù)中央專(zhuān)委和國(guó)防科技骨干，想方設(shè)法阻止“造反派”奪權(quán)，而“造反派”卻打著“革命”旗號(hào)恣意妄為。這個(gè)度如何把握，實(shí)際上要比走鋼絲還難。針對(duì)二機(jī)部“造反派”奪了黨委領(lǐng)導(dǎo)權(quán)一事，他氣憤地說(shuō)：“你們簡(jiǎn)直沒(méi)邊了。部黨委上面還有中央，不能叫部黨委靠邊站。”又說(shuō)，“與國(guó)防工業(yè)相關(guān)的各部部長(zhǎng)、司局長(zhǎng)，除中央已宣布停職反省的外，你們一個(gè)也不能扣留。否則，你們就要犯錯(cuò)誤。沒(méi)經(jīng)中央批準(zhǔn)，你們宣布罷官是不算數(shù)的。現(xiàn)在對(duì)干部的斗爭(zhēng)方式已發(fā)展到打人、掛牌、游街，這是‘左’傾路線的惡劣作風(fēng)，是‘殘酷斗爭(zhēng)、無(wú)情打擊’了。我看了心里很難過(guò)。如果不指出來(lái)，讓這樣發(fā)展下去，我就有罪了。”

　　他反復(fù)告誡有關(guān)人員：“這些單位是國(guó)家的絕密工廠、院、所，對(duì)國(guó)防建設(shè)和加強(qiáng)戰(zhàn)備極其重要，一定要保障其絕對(duì)安全，保證其連續(xù)生產(chǎn)。”“這些單位的‘文化大革命’，只能在業(yè)余時(shí)間進(jìn)行，不準(zhǔn)串聯(lián)，不準(zhǔn)停產(chǎn)，不準(zhǔn)武斗，不準(zhǔn)奪權(quán)。”周總理竭盡全力地保護(hù)了參與我國(guó)尖端科技的技術(shù)專(zhuān)家和行政領(lǐng)導(dǎo)干部。他命令第二、第七機(jī)械工業(yè)部和科研院、所的軍管會(huì)負(fù)責(zé)人，采取切實(shí)措施，保護(hù)列入名單的科學(xué)家和干部的人身安全，并嚴(yán)肅指出：“如果這些人發(fā)生意外，我要找你們。”錢(qián)學(xué)森曾回憶說(shuō)，“‘文革’中，我們都是受保護(hù)的；如果沒(méi)有周總理的保護(hù)，恐怕我這個(gè)人早就不在人世了。”

　　在那樣的局面下，能發(fā)出批評(píng)奪權(quán)派的聲音已經(jīng)很不容易了，更難能可貴的是，他還把一些處境困難的中央專(zhuān)委委員接到中南海保護(hù)起來(lái)。這期間，周恩來(lái)還囑咐秘書(shū)轉(zhuǎn)告受到?jīng)_擊的二機(jī)部部長(zhǎng)劉杰堅(jiān)持住，不能承認(rèn)反黨、反社會(huì)主義。

　　張愛(ài)萍曾回憶“恩來(lái)同志如同保護(hù)許多同志一樣竭盡全力救我于水火。在羅瑞卿同志突遭厄運(yùn)時(shí)，恩來(lái)同志派我去大西北基地指揮第三次原子彈試驗(yàn)，這當(dāng)然是工作的需要，但也有很濃的保護(hù)色彩。在揪斗成風(fēng)時(shí)，他又任命我為總理聯(lián)絡(luò)員，在國(guó)防科技工業(yè)領(lǐng)域處理部院合并的事宜，這雖然也是勢(shì)在必行，但也有讓我避開(kāi)風(fēng)口浪尖的意圖。可是，我終于在他力不能及的情況下，被投入了一個(gè)秘密監(jiān)禁人的地方，被扣上了一長(zhǎng)串置人于死地的大帽子”。

　　為防止“造反派”的奪權(quán)行為干擾尖端武器研制，周恩來(lái)與毛澤東商定，首先在國(guó)防工業(yè)等相關(guān)系統(tǒng)實(shí)行軍管。

　　正是由于周恩來(lái)的傾心維護(hù)，1967年的5月，我國(guó)第一顆氫彈的加工裝配以及試驗(yàn)準(zhǔn)備工作才全部完成。5月9日，周恩來(lái)主持第十八次專(zhuān)委會(huì)，要求6月20日之前做好氫彈試驗(yàn)前的各項(xiàng)準(zhǔn)備工作，并于6月1日至l0日，陸續(xù)提出六七月份試驗(yàn)場(chǎng)和煙云經(jīng)過(guò)地區(qū)的詳細(xì)的氣象資料，再?zèng)Q定試驗(yàn)日期。　6月初，正在準(zhǔn)備氫彈試驗(yàn)的關(guān)鍵時(shí)刻，七機(jī)部一個(gè)名為“九一六”的“造反派”組織居然占據(jù)了國(guó)防部大樓。由此可見(jiàn)，盡管三令五申，國(guó)防工業(yè)系統(tǒng)也不可能成為世外桃源。6月3日，周恩來(lái)讓秘書(shū)通知“九一六”派：立即撤出，如不撤出就不予接見(jiàn)。當(dāng)晚10時(shí)至次日凌晨4時(shí)，周恩來(lái)接見(jiàn)國(guó)防工業(yè)系統(tǒng)群眾組織代表和軍管會(huì)代表，指出：七機(jī)部“九一六”在國(guó)防部搞“萬(wàn)炮齊轟聶榮臻”是錯(cuò)誤的，你們要承認(rèn)錯(cuò)誤。批判領(lǐng)導(dǎo)干部可以，但不能揪斗，必須給他們足夠時(shí)間去工作。現(xiàn)在，中央有任務(wù)下來(lái)了，就要把批判往后推遲。不要搞疲勞戰(zhàn)，以免造成事故。

　　周恩來(lái)的講話，使“造反派”多少有些收斂。　1967年6月12日，周恩來(lái)主持中央專(zhuān)委小會(huì)，研究氫彈試驗(yàn)的時(shí)間等問(wèn)題。為加強(qiáng)領(lǐng)導(dǎo)且保護(hù)聶榮臻，周恩來(lái)說(shuō)：“聶老總，恐怕還是要請(qǐng)你去一趟羅布泊，可以嗎?”聶榮臻心領(lǐng)神會(huì)地回答：“義不容辭!”

　　6月l7日，中國(guó)第一顆氫彈爆炸成功。這是中國(guó)進(jìn)行的第六次核試驗(yàn)。