1950年7月12日，在臺灣的國民黨中央執、監委員240人聯名上書蔣介石，要求實施本黨改造，清算“CC”派。對此，蔣介石不得不作認真考慮。他與二陳的關系雖然淵源深遠，但在目前情況，他深知，要渡過難關，必須倚恃忠心的軍隊和美國的援助，他不能得罪軍方實力派陳誠，也不能為了二陳而失去美國的援助，因為美國人對二陳，特別是對陳立夫十分反感。同時，他要將大權傳給兒子蔣經國，不趕走“CC”派勢力，就不能鏟除蔣經國當權的阻力，經過深思熟慮和反復權衡，蔣介石終于下定決心，向陳果夫、陳立夫開刀。

　　1950年7月22日，由于吳稚暉聯合在臺的國民黨委員214人聯名上書，支持蔣介石徹底實施國民黨改造，加以朝鮮戰爭爆發，美國放棄“袖手”政策，使臺灣獲得安全保障，蔣介石在國民黨中常會臨時會議中再次搬出《中國國民黨之改造案》。7月26日，蔣介石在臺北某賓館主持召開國民黨中央執行委員會茶話會，到會委員計150人，他當眾宣布：中國國民黨中央改造委員會即將成立，該委員會由陳誠、蔣經國、張其昀、張道藩、谷正綱、陳雷屏、胡建中、袁守謙、崔書琴、谷鳳翔、曾虛白、蕭自成、沈昌煥、郭澄、連震東等16人組成。

　　國民黨中央改造委員會的名單，基本上反映了蔣介石權力的分配模式是黨政軍搭配，均任命自己嫡系出身的人。如陳誠、袁守謙是黃埔出身，代表軍隊及情治系統；張其昀、谷正綱等是黨團出身，代表黨務系統；胡建中、曾虛白、崔書琴代表黨的文宣系統；為體現地方色彩，還吸收了臺籍的連震東。這批改造委員會部分人擔任過蔣介石的秘書，基本上都是蔣介石的心腹。而大陸時期黨政軍界的顯赫人物如閻錫山、何應欽、孫科、翁文灝、朱家驊、白崇禧等，一個也沒有進入黨務決策圈內，只是成了有名無實的“中央評議委員”。

　　從事黨務工作二十余年，素以蔣介石得力助手自命的陳氏兄弟，竟然未在名單中出現，有人會以為是蔣介石太不講情面，固然不無道理，但歸根結蒂，還得說因為二陳積怨太深。他們與蔣氏父子的恩恩怨怨前文已有交代且不重敘，只說他們與其他實力人物的矛盾也絕非一家兩家。

　　他們與臺灣的另一個實力派陳誠的關系就曾搞得很僵。陳誠在大陸時常遭“CC”派指責。到臺灣任主席乃至“行政院長”后，采取的一些措施，又屢遭“CC”派操縱的“立法院”非難。特別是圍繞“行政院”授權問題，鬧得沸沸揚揚。依照民國憲法，“行政院”應向“立法院”負責，所頒行政命令必須經“立法院”批準才具有法律效力。在李宗仁代理總統時，蔣介石為了使親蔣的何應欽能以“行政院長”身份抗衡李宗仁，曾私下指令“CC”派掌握的“立法院”授予“行政院”以行政命令代替法律的特權。這項特權，在李宗仁赴美后，已由“立法院”開會宣布收回。1950年，陳誠取代閻錫山升任“行政院長”。陳誠組閣后表示，希望“立法院”能再度授權“行政院”，使行政命令具有法律效力。當時掛著“立法院長”頭銜的孫科不肯到臺灣來，“立法院”的工作由副院長陳立夫主持。一天，當著蔣介石的面，陳誠向陳立夫交涉此事，卻被陳立夫婉言拒絕了。這對此時的陳誠來說，已是忍無可忍了，他絕對放不過陳立夫。