上世紀90年代初期，在相對沉寂的文化界，余秋雨的歷史散文橫空出世，成為時髦風氣。

　　張閎說，與此同時，上海市委不止一次地號召黨內干部都讀余秋雨的書，也試圖把他打造成一張上海“文化復興的名片”。

　　余秋雨試圖在之后的《山居筆記》中還原一段知識分子同權力和解的歷史。他在《一個王朝的背影》中說，盡管滿族的康熙皇帝曾經以大興“文字獄”而“臭名昭著”，但他“竟然比明代歷朝皇帝更熱愛和精通漢族文化”。由此他發現，當時的知識分子開始與康熙和解。

　　在此前后，文化界開始出現少有的歷史回潮，比如大批的清宮帝王戲踴躍登場。

　　上世紀90年代中期，陳良宇主政上海。余秋雨卻在那兩年的上海文化圈頗為“落寞”。張閎說，比較明顯的標志是，在上海公務員系統，余秋雨的書自此不作為必讀推薦。

　　2001年，上海市作家協會第七次全體會員大會上，余秋雨作為候選人參加理事會選舉，結果落選。這讓余秋雨“頗感意外”，也讓上海的文化界“為此嘩然”。他身邊的人對媒體說：余秋雨對上海“傷透了心”，他不想與上海的文化人“多交往了”。他的秘書也高調聲稱，余老師再也不接受上海媒體的采訪。

　　回憶這次落選事件，上海市作家協會副主席趙長天說，當時是差額選舉，作協很多人對余不滿意，爭議很大。

　　另一面，上世紀90年代中期，余秋雨就將自己的事業中心南移。1996年夏，深圳的文化講壇上開始不斷出現他的身影。當時，他的身份是深圳文化研究中心名譽主任。

　　這一次現身，又是爭議不斷。起先，他說，“深圳是中國文化的橋頭堡”；接著，他又說“深圳有條件建立深圳學派”，直至他說“深圳最有資格做總結20世紀文化的事”。

　　與此成為明顯對比的是網友“我為伊狂”的文章《深圳，你被誰拋棄？》。后者引起了廣泛的討論，作為一個土生土長的當地人，文章對于深圳文化、經濟上顯露的后繼乏力做了一連串詰問。

　　上世紀90年代中期以后，作為一個文化人，他不斷地出現在各個城市的文化講壇上，為當地的文化復興振臂高呼。起先，輿論還頗為關注，后來，大家也習慣了。

　　從上世紀90年代中期開始，余秋雨就很少現身上海文化圈，他自己也在文章中不止一次地說，上海的文化圈子他不喜歡沾染。

　　2007年，出現了微妙的轉折。

　　這一年4月，秋雨文化教育基金在上海成立。這是繼上世紀90年代淡出上海文化圈之后，余秋雨的回歸。

　　余秋雨對當地媒體說，“從今以后，我的工作重心將確立在上海。”(孫冉）